Sünnet yarası, çocuklarda sünnet sonrasında meydana gelen en ciddi zorluktur. Bu yaralar, son zamanlarda oldukça azalmış olsa bile geçtiğimiz yıllarda sünnet yöntemlerinin çok daha zor olmasına bağlı olarak yaralar da aşırı bir hale gelmekteydi. Günümüzde biraz daha basit olan sünnet yöntemleri nedeniyle sünnet yarası da bir hayli azalmıştır. Sünnet yarası, bazen insanlarda kanamalara neden olarak çok zor durumların yaşanmasına neden olabilmektedir. Bu nedenle sünnet sonrasında hem ailenin hem de sünnet olan çocuğun bu konuda çok dikkatli olması gerekmektedir. Sünnet yarası, sünnetten hemen sonra çocuklarda meydana gelen çok şiddetli ağrılara neden olur. Özellikle uyuşturucu iğnelerin etkilerini yitirmesi nedeniyle bu ağrılar çok ciddi bir hal alabilir. Bu durumlarda tabi ki çocuklara yaşa uygun olacak ağrı kesici ilaçlar verilir. Bu şekilde çocuğun sünnet yarası üzerindeki ağrı ciddi bir şekilde azaltılabilir. Ağrı kesici olarak iki yaşına kadar olan çocuklarda fitil kullanılırken bu yaş sonrasındaki çocuklarda şurup ve daha da ileri ki yaşlarda tablet ilaçlar kullanılabilir.